GROMACS 4.6-beta 1
В список рассылки gmx-announce пришло письмо от Марка Абрахама, в котором он объявил о релизе первой беты GROMACS 4.6
Ключевые нововведения:
- Новая реализация интерфейса для нативного использования GPU. (ранее, напомню, можно было использовать только 1 GPU через библиотеку OpenMM, при этом было затруднено использование неявных растворителей, так как параметры OBS были фиксированы в исходных кодах библиотеки)
- Появилась использования гибридной параллелизации MPI/OpenMP
- Поддержка инструкций SSE2, SSE4.1, 128-bit AVX с FMA (AMD) или 256-bit AVX (Intel). До 40% прироста производительности для некоторых систем на процессорах AMD.
- Значительные улучшения в системе балансировки нагрузки
- Новый модуль для расчета свободной энергии
- Полный переход на систему сборки CMake
GROMACS - популярный пакет для моделирования молекулярной динамики, ориентированный на системы состоящие из биомолекул, таких как белки, нуклеиновые кислоты и липиды. Среди конкурентов он выделяется производительностью и удобством (в частности большим количеством утилит для анализа самых разнообразных параметров траекторий).
